Aanleiding voor het onderzoek is de zorg van de Europese Unie dat de doelstelling om de achteruitgang van de biodiversiteit te stoppen, niet gehaald zal worden. Het Planbureau voor de Leefomgeving laat aan de andere kant zien dat er ruimte is om het beleid doelmatiger te maken. Het verlies aan biodiversiteit is wereldwijd en in Nederland één van de belangrijkste vraagstukken. Het IBO stelt vast dat het natuurbeleid met het concept van de EHS als ruggengraat van de natuur werkt. De invloed van het beleid op biodiversiteit is echter lastig vast te stellen. Het rapport onderschrijft de door het Rijk ingezette weg om de EHS robuuster te maken en er voor te zorgen dat de gebieden beter op elkaar aansluiten. De doeltreffendheid van de EHS kan worden vergroot door de kwaliteit van de EHS meer gewicht toe te kennen dan de kwantiteit. Het IBO schetst opties om de vormgeving van de EHS te verbeteren en nog meer nadruk te leggen op de realisering van veerkrachtige natuur die zich kan aanpassen aan nieuwe omstandigheden, bij voorbeeld als gevolg van klimaatverandering.

Particulier en agrarisch natuurbeheer worden door het IBO bevestigd als geschikte instrumenten. Agrarisch natuurbeheer is voor een beperkt aantal natuurtypen geschikt om de doelstellingen van de EHS te realiseren, maar kan vooral een rol spelen ter ondersteuning van de EHS. Het rapport doet de aanbeveling bij de uitvoering van de EHS nadrukkelijk te kijken naar de verschillende vormen van publiek-private samenwerking om zo creativiteit en innovatie te stimuleren. Het IBO stelt voor om ook experimenten te starten waarbij natuurontwikkeling in concessieverband aan private partijen wordt gegeven.

Het IBO stelt dat de uitvoering van het natuurbeleid in de praktijk slagvaardiger moet. Dit is vooral ook van belang voor het benodigde draagvlak in de samenleving voor natuur. Met de Crisis- en herstelwet komt het kabinet tegemoet aan de suggestie van het IBO om de administratieve lasten en stroperigheid  aan te pakken. Ook de integratie van de bestaande natuurwetten tot één natuurwet draagt bij aan de door de samenleving gevraagde vereenvoudiging en verduidelijking.

Het IBO constateert dat er voor het natuurbeleid, met name voor verbetering van de water- en milieucondities, voor korte en lange termijn forse financiële tekorten bestaan. Voor de periode tot en met 2018 gaat het om 2,2 miljard euro. Om de tekorten te verminderen doet het IBO de suggestie bij de realisering van de EHS meer nadruk te leggen op slimme combinaties van maatregelen, meer gebruik te maken van private bronnen en verbeterde vormgeving van de EHS. Ook het vermarkten van ecosysteemdiensten zou een bijdrage kunnen leveren aan een vermindering van de tekorten. Daarbij tekent het IBO aan dat de mate waarin de voorgestelde maatregelen besparingen op kunnen leveren nog niet is te overzien.